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Castelfranco Emilia è stato fondato nel 1226 dai Bolognesi con il toponimo di "Borgo Franco", ed era delimitato dalle attuali vie circondarie.
Borgo Franco rappresentava, sia in senso geografico che politico, l'ultimo centro bolognese in prossimità del confine con Modena, città rivale, e pertanto, avendo la funzione di postazione di difesa, agli abitanti del luogo Bologna concesse condizioni fiscali vantaggiose.
Castelfranco rimase sotto la giurisdizione del territorio bolognese anche quando la città passò allo Stato Pontificio e tuttora fa parte dell'Arcidiocesi di Bologna. Castelfranco è infatti culturalmente ancora molto legata alla città di Bologna: il dialetto è di tipo bolognese e la maggior parte degli abitanti locali, in particolar modo i piu' anziani, si considerano bolognesi a tutti gli effetti.
Nei giorni successivi al termine della Seconda Guerra Mondiale,Castelfranco entrò a far parte di quello che fu chiamato 'triangolo della morte' e che aveva come vertici le zone di Castelfranco Emilia e le sue frazioni Manzolino e Piumazzo: questi luoghi furono infatti macchiati dal sangue di molti esponenti appartenenti al Partito Fascista, uccisi da ex partigiani che, non rientrando tra i casi previsti dall'amnistia di Togliatti, fuggirono oltre la Cortina di Ferro.
Nel novembre del 2005, sessantunesimo anniversario dell' uccisione di 11 castelfranchesi da parte di soldati tedeschi durante il secondo Conflitto Mondiale, a Castelfranco è stata conferita la Medaglia d'argento al Valore Civile.
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